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조세심판원 결정

협정관세 사후적용의 신청기간을 확정가격 신고일로부터 1년으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

사건번호조심2025관0034
결정일2025-07-02
결과기각
관련법령
[참조결정]조심2016관0221 / 조심2018관0042

쟁점

협정관세 사후적용의 신청기간을 확정가격 신고일로부터 1년으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

결정요지

FTA 특례법 제9조 제1항은 협정관세 사후적용 신청은 수입신고 수리일부터 1년 이내에 하도록 규정, 잠정·확정가격 신고에 대한 예외를 규정하고 있지 아니하고 잠정·확정가격 신고는 세율 적용과 무관한 사항으로 협정관세 사후적용 신청일의 연장 등과 관련 없음

결정문 정보

청구번호조심 2025관0034 (2025.07.02)
세목관세
결정유형기각

제목

협정관세 사후적용의 신청기간을 확정가격 신고일로부터 1년으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

결정요지

FTA 특례법 제9조 제1항은 협정관세 사후적용 신청은 수입신고 수리일부터 1년 이내에 하도록 규정, 잠정·확정가격 신고에 대한 예외를 규정하고 있지 아니하고 잠정·확정가격 신고는 세율 적용과 무관한 사항으로 협정관세 사후적용 신청일의 연장 등과 관련 없음

참조결정

조심2016관0221 / 조심2018관0042

주문

심판청구를 기각한다.

이유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.11.13.부터 2023.12.7.까지 말레이시아 소재 A 등으로부터 수입신고번호 OOO 등 4건으로 원산지가 말레이시아, 인도네시아 및 호주인 LNG(Liquefied Natural Gas, 액화천연가스, 이하 "쟁점물품"이라 한다)를 수입하면서 「관세법」 제71조 에 따른 할당관세율(2%)을 적용하여 수입신고하였고, 처분청은 이를 수리하였다.

나. 청구법인은 쟁점물품의 수입신고수리일부터 1년이 경과한 2024.12.24. 처분청에 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」(이하 "FTA관세법"이라 한다) 제9조에 따른 협정관세 사후적용 신청을 하면서, 쟁점물품에 「대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정하의 상품무역에 관한 협정」(이하 "한-아세안 FTA"라 한다) 및 「대한민국 정부와 호주 정부 간의 자유무역협정」(이하 "한-호주 FTA"라 한다)에 따른 협정관세율(0%)이 적용되어야 한다면서 관세 OOO원 및 부가가치세 OOO원 합계 OOO원의 경정을 청구하였고, 처분청은 2025.1.8. 이를 거부(이하 "쟁점처분"이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장 수입신고수리일과 확정가격신고일이 다른 경우 협정관세 사후적용 신청 기간은 확정가격신고일부터 1년이 적용되어야 한다. 청구법인은 LNG 수송선이 입항하기 직전 LNG에 대해 (잠정)수입신고를 하고, 입항 후 검수가 완료되면 (세액)정정수입신고를 하며, 정정된 세액에 따라 매월말 관세를 납부한다. FTA 체결국가로부터 수입된 LNG의 원산지증명서는 통상적으로 LNG 수입통관 이후 수개월 후에 발급이 되고, 청구법인은 협정관세 사후적용 신청을 통하여 세관장에게 원산지증명서 등 증빙서류를 제출하고 기 납부한 관세에 대해 환급을 신청한다. 한편, LNG 대금․수송선 운임 등 LNG 수입과 관련된 모든 비용이 확정되기까지 장기간(2년∼4년)이 소요되므로 수입신고 시 잠정적으로 과세가격 신고 즉, 잠정가격신고를 하였다가, 관련 수입비용이 확정되면 과세가격이 변경되므로 그에 따라 확정가격신고를 하게 되고, 과세가격이 변경되지 않더라도 잠정가격신고를 한 건은 확정가격신고를 반드시 하여야 한다. 청구법인은 2023.11.13.부터 2023.12.7.까지 쟁점물품에 대해 입항전수입신고 및 잠정가격신고를 하였고, 검수가 완료된 후 수량이 변경됨에 따라 2023.11.20.부터 2023.12.21.까지 세액정정 신고를 하고 정정된 세액을 납부하였다. 청구법인은 2024.12.24. 처분청에 쟁점물품에 대한 협정관세 사후적용 신청과 함께 경정을 청구하였는데, 쟁점물품은 아직 확정가격신고를 하지 않은 상태였음에도 처분청은 청구법인이 수입신고수리일로부터 1년을 경과하여 협정관세 사후적용 신청을 하였다는 이유로 2025.1.8. 이를 거부하였다. 통상적인 경우 수입신고․가격신고․납세신고는 동시에 이루어져 그 차이를 인식하기 어렵지만, 「관세법」상으로는 엄연히 구별되는 별개의 개념인바, 수입신고․가격신고․납세신고가 동시에 이루어지지 않은 경우에는 각각의 개념에 따라 각기 달리 적용되어야 한다. 대법원에서 수입신고는 통관의 적정을 위한 것이고, 납세신고는 관세수입의 확보를 위한 것으로서 그 목적이 다르다고 판단하였는바(대법원 2016.7.14. 선고 2013도8382 판결), 가격신고는 통관의 적정보다는 관세수입의 확보를 위한 것으로 보아야 한다. FTA관세법상 협정관세 사후적용 신청은 통관의 적정성보다는 관세율의 적용 및 관세수입의 확보와 직접적으로 관련된 문제이므로, 잠정 및 확정가격신고가 이루어져 '수입신고일'과 '(확정)가격신고일'이 일치하지 않는 경우에는 협정관세 사후적용 신청 기간의 기산일 역시 '수입신고일'이 아닌 '(확정)가격신고일'이 되어야 한다. 나아가 잠정 및 확정가격신고가 이루어진 경우 「관세법 시행령」 제6조 제5호에서 확정가격신고일의 다음 날을 관세부과 제척기간의 기산일로 규정하고 있고, 기획재정부장관은 2019.1.28. 잠정가격신고분에 대한 경정청구는 확정가격신고일부터 5년 이내라고 유권해석을 한 바 있다(관세제도과-78). 위와 같이 관세의 부과, 징수와 관련되는 기간의 기산점은 '수입신고일'이 아닌 '(확정)가격신고'일을 기준으로 하는 것이 「관세법」의 체계와 수입신고 및 가격신고 제도의 목적에 부합하는바, 협정관세 사후적용 신청 기간을 '수입신고일로부터 1년 이내'로 규정한 FTA 관세법 제9조 제1항은 수입신고일과 가격신고일이 일치하는 통상적인 경우만을 전제로 한 규정으로서 수입신고일과 가격신고일이 불일치하는 잠정가격신고 제도를 고려하지 못한 입법불비에 해당한다.

나. 처분청 의견 (1) 협정관세 사후적용 신청은 법문에 따라 수입신고수리일부터 1년 이내에 하여야 한다. FTA 관세법 제9조 제1항에서 '수입신고수리일로부터 1년 이내'에 협정관세 사후적용 신청을 하도록 규정하고 있을 뿐 기간 연장 등의 단서나 예외 규정이 존재하지 않는다. 따라서 협정관세 사후적용 신청의 기산일은 법문대로 '수입신고수리일'이 되어야 하고, 청구주장과 같이 확정가격신고일로 탄력적으로 해석할 여지가 없으며, 이와 같은 청구주장은 조세법규를 확장․유추해석으로 하는 것으로 조세법률주의 원칙상 허용될 수 없다(조심 2018관42, 2018.8.29. 및 대법원 2020.12.10. 선고 2020두47298 판결, 같은 뜻임). 한편, 청구법인은 2020년부터 2024년까지 수입신고번호 OOO 등 76건에 대하여는 수입신고수리일부터 1년 이내에 협정관세 사후적용 신청을 하여 세액을 환급받은 사실이 있다. 또한, 쟁점물품에 대한 원산지증명서 발급일자는 2023.11.29.부터 2024.5.14.까지인바, 청구법인은 쟁점물품의 수입신고수리일부터 1년 이내(2024.11.13.부터 2024.12.7.까지)에 협정관세 사후적용 신청을 할 수 있는 충분한 시간이 있었다. (2) 협정관세 적용은 잠정가격신고 사유와 무관하다. 청구법인은 FTA 협정관세 적용 신청은 통관의 적정성보다는 관세율의 적용 및 관세수입의 확보와 직접적으로 관련된 문제이고, 잠정 및 확정가격신고를 한 경우 부과제척기간이나 경정청구 기산일을 확정가격신고일로 하고 있으므로 FTA관세법상 협정관세 사후적용 신청도 확정가격신고일부터 1년 이내에 할 수 있는 것으로 해석되어야 한다고 주장한다. 그러나 잠정 및 확정가격신고 제도는 수입물품의 과세가격이 불확정된 상태에서 추정세액을 우선 납부하고, 이후 과세가격이 최종 확정되는 시점에 그 차액을 정산하는 제도로서 과세가격만을 그 대상으로 하고 있고, 과세가격의 변동 없이 다른 요소(예 : 세율)가 변동되는 경우에는 잠정가격신고 대상 자체가 되지 않는다. 따라서 잠정가격신고 사유와 무관한 사유(예 : 세율)로 세액이 변동되는 경우에는 일반적인 세액정정 절차를 적용하여야 하므로 그 부과제척기간이나 경정청구의 기산일은 확정가격신고일이 아니라 수입신고일(최초 납세신고일)이 되어야 한다(조심 2016관221, 2017.3.3., 같은 뜻임). 이 건의 경우 협정관세율의 적용은 과세가격의 변동과는 관련이 없는 '세율'에 관한 것이므로 잠정가격신고 대상 자체가 되지 않고, 청구법인도 쟁점물품 수입신고 시 잠정가격신고를 하면서 '원유, 곡물, 광석 등 1차 산품으로서 수입신고일 현재 가격이 정해지지 않은 경우'를 잠점가격신고 사유로 기재하였는바, 쟁점물품에 대한 세율 적용 착오로 부과처분하거나 경정을 청구하는 경우 관세부과제척기간이나 경정청구의 기산일은 수입신고일(최초 납세신고일)이 되어야 하므로 협정관세 사후적용 신청 기간의 기산일도 수입신고수리일이 되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점 협정관세 사후적용 신청 거부처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 쟁점물품 수입신고 시 실제지급가격 및 원유․곡물․광석 등 1차산품으로서 수입신고일 현재 가격이 정해지지 않았다는 이유로 잠정가격신고를 하였고, 확정가격신고 예정일은 수입신고일로부터 2년 후인 2025.11.12.부터 2025.12.6.까지로 신고하였다. (나) 청구법인은 쟁점물품의 수입신고수리일부터 1년이 경과한 2024.12.24. 처분청에 FTA 관세법 제9조 제1항에 따라 한-아세안 FTA 및 한-호주 FTA 협정관세 사후적용 신청을 하였고, 처분청은 2025.1.8. 협정관세 사후적용 신청기간이 경과되었다는 이유로 이를 거부하였다(동해세관-OOO). (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 잠정가격신고 건의 경우 협정관세 사후적용 신청기간의 기산일은 수입신고수리일이 아니라 확정가격신고일이 되어야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 점(대법원 2002.7.26. 선고 2001두5521 판결 등, 같은 뜻임), FTA 관세법 제9조 제1항에서 협정관세 사후적용 신청은 수입신고수리일부터 1년 이내에 하도록 규정하고 있고, 잠정 및 확정가격신고에 대한 예외를 규정하고 있지 아니하는 점, 잠정 및 확정가격신고는 세율 적용과 무관한 사항으로서 협정관세 사후적용 신청일의 확장 또는 연장과 관련이 없는 점 등에 비추어, 처분청이 협정관세 사후적용 신청을 거부한 쟁점처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」제131조 및 제128조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제9조(협정관세 사후적용의 신청) ① 수입신고의 수리 전까지 제8조에 따른 협정관세의 적용신청을 하지 못한 수입자는 해당 물품의 수입신고 수리일부터 1년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 협정관세의 적용을 신청할 수 있다. ② 수입자(제8조 및 이 조 제1항에 따라 협정관세 적용을 신청한 수입자는 제외한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에서 정한 날부터 3개월 이내로서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 협정관세의 사후적용을 신청할 수 있다.

1. 수입자가 「관세법」 제87조 에 따라 품목분류가 변경되어 같은 제38조의3 제1항 전단에 따라 수정신고를 하는 경우 : 수입자가 수정신고를 한 날

2. 세관장이 수입자가 신고한 품목분류와 다른 품목분류를 적용하여 「관세법」 제38조의3 제6항 또는 제39조 제2항에 따라 관세를 징수하는 경우 : 수입자가 「관세법」 제39조 제3항에 따른 납부고지를 받은 날 (2) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행령 제5조(협정관세 사후적용의 신청 등) ① 법 제9조 제1항 또는 같은 조 제2항 각 호 외의 부분에 따라 수입신고를 수리한 이후에 협정관세의 적용을 신청하려는 자는 협정관세 적용신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 원산지증빙서류

2. 「관세법 시행령」 제34조 제1항에 따른 경정청구서 (3) 관세법 제28조(잠정가격의 신고 등) ① 납세의무자는 가격신고를 할 때 신고하여야 할 가격이 확정되지 아니한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 잠정가격으로 가격신고를 할 수 있다. 이 경우 신고의 방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ② 납세의무자는 제1항에 따른 잠정가격으로 가격신고를 하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기간 내에 해당 물품의 확정된 가격을 세관장에게 신고하여야 한다. ④ 세관장은 제2항에 따라 확정된 가격을 신고받거나 제3항에 따라 가격을 확정하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 잠정가격을 기초로 신고납부한 세액과 확정된 가격에 따른 세액의 차액을 징수하거나 환급하여야 한다. (4) 관세법 시행령 제6조(관세부과 제척기간의 기산일) 법 제21조 제1항에 따른 관세부과의 제척기간을 산정할 때 수입신고한 날의 다음날을 관세를 부과할 수 있는 날로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 호에 규정된 날을 관세를 부과할 수 있는 날로 한다.

5. 법 제28조에 따라 잠정가격을 신고한 후 확정된 가격을 신고한 경우에는 확정된 가격을 신고한 날의 다음 날(다만, 법 제28조 제2항에 따른 기간 내에 확정된 가격을 신고하지 아니하는 경우에는 해당 기간의 만료일의 다음날) 제16조(잠정가격의 신고 등) ① 법 제28조 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 거래관행상 거래가 성립된 때부터 일정기간이 지난 후에 가격이 정하여지는 물품(기획재정부령으로 정하는 것으로 한정한다)으로서 수입신고일 현재 그 가격이 정하여지지 아니한 경우

2. 법 제30조 제1항 각 호에 따라 조정하여야 할 금액이 수입신고일부터 일정기간이 지난 후에 정하여 질 수 있음이 제2항에 따른 서류 등으로 확인되는 경우 2의2. ∼ 2의3. <기재 생략>

3. 계약의 내용이나 거래의 특성상 잠정가격으로 가격신고를 하는 것이 불가피한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우 ② 제1항에 따라 잠정가격으로 가격신고를 하려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신고서에 제15조 제5항 각 호의 서류를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 제15조 제1항 각호의 사항

2. 거래내용

3. 가격을 확정할 수 없는 사유

4. 잠정가격 및 잠정가격의 결정방법

5. 가격확정예정시기 ③ 잠정가격으로 가격신고를 한 자는 2년의 범위안에서 구매자와 판매자 간의 거래계약의 내용 등을 고려하여 세관장이 지정하는 기간 내에 확정된 가격(이하 이 조에서 "확정가격"이라 한다)을 신고하여야 한다. 이 경우 잠정가격으로 가격신고를 한 자는 관세청장이 정하는 바에 따라 전단에 따른 신고기간이 끝나기 30일 전까지 확정가격의 계산을 위한 가산율을 산정해 줄 것을 요청할 수 있다. ⑤ 법 제28조 제2항에 따라 확정가격을 신고하려는 자는 다음 각 호의 사항이 적힌 신고서에 제15조 제5항 제3호부터 제5호까지의 자료를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 잠정가격신고번호 또는 수입신고번호와 신고일자

2. 품명 및 수입신고수리일자

3. 잠정가격 및 확정가격과 그 차액 ⑥ 법 제28조 제4항에 따라 잠정가격을 기초로 신고납부한 세액과 확정가격에 의한 세액과의 차액을 징수하거나 환급하는 때에는 제33조, 제34조 제3항부터 제5항까지 및 제50조 내지 제55조의 규정을 준용한다. (5) 관세법 시행규칙 제3조(잠정가격신고 대상물품 등) ① 영 제16조 제1항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 원유ㆍ곡물ㆍ광석 그 밖의 이와 비슷한 1차산품을 말한다. ③ 영 제16조 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 수입 후에 수입물품의 가격이 확정되는 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 충족하는 경우

가. 수입 이전에 거래 당사자 간의 계약에 따라 최종 거래가격 산출공식이 확정되어 있을 것

나. 최종 거래가격은 수입 후 발생하는 사실에 따라 확정될 것

다. 수입 후 발생하는 사실은 거래 당사자가 통제할 수 없는 변수에 기초할 것

4. 그 밖에 계약의 내용이나 거래의 특성상 잠정가격으로 가격신고를 하는 것이 불가피하다고 세관장이 인정하는 경우

출처

조세심판원 결정문 · 사건번호 조심2025관0034
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